26세기, 도시는 대추락으로 폐허가 되어 있었다. 어느 날 닥터 이도(크리스토프 왈츠)는 폐허로 변한 도시의 고철 더미 속에서 간신히 숨만 붙어있는 알리타(로사 살라자르)를 발견하고 자신의 거처로 그녀를 데리고 온다. 잘린 팔과 다리, 그리고 몸통 자리에는 슈트가 씌워지고, 여기에 이도의 따뜻한 보살핌이 더해진다. 이도의 정성 덕분에 알리타는 얼마 후 상처를 딛고 깊은 잠에서 깨어날 수 있었다. 하지만 그녀는 과거를 기억하지 못하는 등 정체성에 혼란을 겪게 된다. 조심스레 세상에 발을 내딛기 시작하는 알리타, 그녀에게는 얼마 지나지 않아 남자 친구 휴고(키언 존슨)가 생기는 등 주변에 점차 눈을 떠가던 참이다. 그러던 어느 날 의문의 적들이 알리타에게 적의를 드러냄과 동시에 조각조각 끊겨 파편화돼 있던 ..