국제 테러 조직 '신디케이트'를 이끌던 레인(숀 해리스)은 IMF(Impossible Mission Force)에 의해 체포되었고, 이후 조직은 와해되고 만다. 그러나 남겨진 신디케이트 추종 세력은 그보다 더욱 급진적이며 강력한 조직을 만들기에 이른다. 이른바 '아포스틀'이다. IMF 요원 에단 헌트(톰 크루즈)와 팀원들은 이들 조직에게 어이없는 방식으로 핵무기의 핵심 재료인 플루토늄을 빼앗기고 만다. 이에 에단 헌트를 비롯한 그의 팀원 벤지(사이먼 페그)와 루터(빙 라메스)는 IMF 국장 엘런 헌리(알렉 볼드윈)로부터 문책을 당하게 되고, 잃어버린 플루토늄을 되찾기 위한 미션을 계획하기에 이른다. 하지만 세계 곳곳에서 핵무기 테러의 위협이 고조되어가는 상황에서 플루토늄을 테러 조직에게 빼앗긴 헌트를 더..